气相色谱仪耐用性强，可用于石化、医疗等多个行业。正是因为它的应用广泛，实验人员更要注意它正确使用方法，以及各系统使用中需要进行的维护操作。气相色谱分析仪对于样品含量要求不高，它的检测线低、灵敏度高，高浓度的样品范围会造成仪器内部色谱柱的拥堵，甚至损坏精密仪器。气相色谱仪可分析复杂样品，对样品预处理的要求不高，有时甚至无需经过预处理操作也能顺利实验，不过这并不代表所有样品都无需经过处理。
载气系统主要为仪器内部提供流动相，保证气体的洁净度和流速，所以在操作时要注意检漏和检测气体的纯度、校正流量表的数值等。时刻关注载气瓶的压力，对于某个数值的时候就要更换新的载气瓶。载气不能直接进入系统，还要经过一步干燥，这个部分也要注意定期更换。样品通过进样器进入检测系统，这个部分发生污染将直接影响实验数据的准确性，所以要定期清洁这个部分，每次实验结束后都要用试剂清洗。在分离系统中起重要作用的是色谱柱，它属于整个色谱分析系统的核心结构，它的性能影响整个实验操作，除了注意维护之外，还要正确控制分离系统内部的参数，温度、气压等都会影响它的性能和使用寿命。
实验数据产生的关键部分是检测系统，它将检测到的信号以数字的形式传输出去，由此就能进行定量和定性实验，使用色谱分析仪进行实验，选择合适的检测器是关键性操作。赛默飞为不同领域色谱分析提供合适的解决方案，如食品分析中乳品脂肪酸的检测、环境检测中水质分析等。另外数据分析系统将系统分析出来的数字信息制成图谱，让人更直观地认识待测样品，它可自动化操作完成高效数据处理。
