厦门市园林植物园俗称万石植物园， 位于厦门岛东南隅的万石山中，背靠五老峰南普陀，紧邻中山商圈，占地4.93平方公里，是国内唯一建在城市中心区域的植物园。始建于1960年，是国家首批AAA旅游区(点)，鼓浪屿—万石山国家级重点风景名胜区的重要组成部分。
厦门市园林植物园，素有“绿色博物馆”的美誉。现已引种、收集6500多种热带、带观赏植物，拥有棕榈岛、沙生植物区、雨林世界、百花厅、松杉园、花卉园、科普馆等十多个各具特色的植物专类园。荟萃了“太平石笑”、“天界晓钟”等诸多厦门名景。
万石涵翠
万石湖原为万石岩水库，建于1952年，当年曾为战备水库，如今已成为植物园景观的核心。沿湖漫步，北侧松杉园、竹径，南侧为南洋杉草坪，东侧为棕榈岛、百花厅，西侧大坝上极具南国风韵的棕威武成排，湖光倒影别有一番景致。
湖上“春秋”、“天趣”双桥成趣，另有“仰止亭”、“沧趣亭”、“适然榭”等水榭亭台点缀其上，波光荡漾，意趣超凡。湖光山色，草木葱茏汇成厦门名景之——“万石涵翠”。
南洋杉草坪
南洋杉疏林草地俗称南洋杉草坪，位于万石湖南侧，是植物园的核心景区之一，也是游人休憩、嬉戏和举办各种活动的绝佳场所。
南洋杉科是属、种较少的科，约40个种。植物园现引种有两属7种，为全国之最。南洋杉草坪临山一侧种植了成片的诺福克南洋杉，是目前我国面积最大的南洋杉纯林。
此外，党和国家领导人在此种植多株纪念树，同志在此亲手种植了一株大叶樟，、万里、等领导人也在此种植了纪念树。
棕榈植物区(棕榈岛)
棕榈植物区位于万石湖东侧，是突入万石湖的半岛，人们俗称“棕榈岛”。
棕榈岛三面临湖，青山环抱，湖光、山色、翠影，风景独特，有数百种棕榈科植树物遍布于水隈、坡上，一片南国小岛风光。它还是我国目前棕榈植物资源重要的保存地和展示区。
百花厅
百花厅始建于上世纪80年代，是植物园的主要室内花卉展区。百花厅以传统中式庭园为构架，中心为荷花池，夏日里池面上睡莲、荷花、王莲尽展风姿。展厅沿池布置，或以廊连，或以通，皆白墙粉柱、琉璃瓦顶，错落有致。沿廊顺可观赏到各色具有南洋庭院风格的花木以及独辟一角的俗称“荫棚”的荫生植物区。
此外，在黄金周期间都有不同主题的花卉展览在此进行。
裸子植物区(松杉园)
由植物园西大门进入万石湖坝顶，北行过溢洪道石板桥即为松杉园。园中植物景观和园林小品巧妙结合，有群鹤雕塑戏立池中，形象极为生动；池畔有一亭，其柱、梁、盖、凳、桥、栏皆仿松，故松、鹤而取名“延年亭”。沿曲折小径，仰望参天松柏，低寻树影婆娑，仿佛入林探幽，别有一番风韵。
竹类植物区(竹径)
竹径位于万石湖北侧步行道，依高低错落、曲直有致的地形地势，沿石阶铺就的小两旁交互列植多种竹类植物。游人沿着幽幽竹径漫步其中，沐浴着阵阵拂面而来的轻风，欣赏着两旁婀娜多姿的竹子和从不远处时隐时现的湖光山色，如入般遨游。
蔷薇园·象鼻峰
蔷薇园是一处以种植蔷薇科植物为主的专类园，园内有草坪，节假日游人如织。
一池荷花，夏日荷香阵阵，池边各色月季枝满花醉，清艳惹人。三棚花架，缀满蔷薇、木香，争奇斗艳。
象鼻峰位于蔷薇园北隅，由两块巨石并成，石间隙极小，外面的石头酷似竖立的大象鼻子，直冲云霄，故得名。石上镌刻的“象鼻峰”三字，是清朝雍正年间厦门海防同知李璋所题。
新碑林
新碑林位于太平山西北坡，这里岩石大都被风化为球状。收集有名家名人如沙孟海、费新我、赖少其、刘海粟、虞愚、启功及弘一、日本名家雪山等上百幅题咏墨宝镌刻于岩石之上，形成一处天然碑林。
沙生植物区
沙生植物区占地面积4万平方米，主展区含室外展区和展览温室两大部分。室外展区的大型多肉植物和掌蔚为壮观，是目前国内规模最大的室外大型掌展示区。展示有来自的形如巨瓶的瓶干树，体型高大的象腿树、雄伟的武伦柱群，来自非洲的猴面包树等。
在三个温室展区，形态各异的掌与多肉植物争奇斗艳，有国内自行栽培、在博览会屡获殊荣的镇园之宝“金琥王”，还有国内最大的斑纹金琥，罕见的鬼头、神仙玉、龟纹木棉、青紫葛以及生石花、棒叶花等。
藤本彩叶灌木区
藤本彩叶灌木区位于沙生植物区之南，五老峰的北麓，紧临雨林世界。
沿区内道两旁而建的仿石廊架，蜿蜒起伏，长达600余米，是目前国内最长的藤本植物花架群。区内还建设有原木花架、仿木花架、钢管花架、土楼型花架和植物迷宫，供藤本植物攀缘或附着，一年四季花开不断。
雨林植物区
雨林植物区位于紫云景区内，景区内有樵溪古桥、高读琴洞和将军墓等景点，面积约25万平方米。以有宽大的板状根，具滴水叶尖，茎上开花，绞杀现象，附生等特点的雨林植物为主。该区域内，安装有福建省第一套雾森系统，利用高压运行的水流，化水成雾，阳光照射下，朦胧幽绝，俨然是一个亦幻亦真的奇幻世界。
太平石笑
万石山中石头多而奇，皆知。
在太平岩附近，有一组、四块天然的巨石：两块相叠，一端紧密贴合，一端上下张开，似张开的嘴巴，另两块巨石顶立，形成石门，浑然天成，构成“开口笑”的样子。石门右侧巨石刻有“石笑”二字。此地地处太平岩地界，“太平石笑”故得此名，并成为厦门二十名景之一。
天界晓钟
天界寺是明末清初月松募建的，和仙翁。几经翻修，天界寺香火越来越旺，成为闽南一带的著名古刹。从前，每天清晨，这里的要敲钟108下，以解“一百零八种烦恼”。
天界寺居高临下，清晨的钟声特别悠扬，位高声远，能传遍旧时的厦门全城，“天界晓钟”成为厦门旧“小八景”中的一景，2000年又被确定为厦门二十名景之一。
科普展馆
科普展馆是面向广大游客，特别是青少年，普及植物和科学知识的场所。在这里，通过图板、实物标本、微缩景观、数字视频、多系统、等多种形式向广大游客全面介绍植物的基础知识、植物园的特色景观、园内的珍奇植物和常见的动物等。
馆内设有儿童互动区，让孩子们与可爱的甲壳虫合影，制作种子贴画、动植物拓画，
科普展馆让参观者能直观、生动地了解植物园，了解植物的功能与作用，充分认识、生物多样性的重要意义。
花卉园
花卉园位于植物园的西北角，园区依山而建，改变了平地花园只能平面观赏的遗憾，无论是站在观景平台上，还是立于半山的欧式小屋前，园区风貌尽收眼底。
花卉园展示品种繁多的珍奇花卉，日日有花，常年不断，形成别具一格的“花的海洋”、“花的世界”。每年的春节、“五一”、“十一”等重大节日，还从国内外引进大量新、奇、特、优花卉在此展出。