液相色谱仪一般用在定量实验中，即已经确定要检测的物质种类是什么，在此基础上可以确定流动相和固定相类型，接着按照实验要求进行样品预处理过程，使用自动进样器完成进样过程，设置好流动相梯度，在一段时间后就能得到结果。想要使用它来进行定性实验不可能，只是要加入其它新的仪器。
在联用仪器的应用中，液相色谱仪与其它仪器联用的操作很常见。如果使用IC-MS分析样品就可以同时实现色谱分析与质谱分析的目的。众所周知，质谱仪就是为了定性实验而生的。不过只连接一个质谱仪还是很难达到定性的目的，它只能对总体的离子数进行分析，是要结束后人们还是只能得到一个关于未知成分总离子数的结论，具体到它的结构特点、空间排列方式还是知之甚少。lc-ms/ms可以弥补上述仪器的缺陷，为定性实验提供新的解决方案。通过实验不仅可以知道分子数量，还可以了解它们的排列情况，即进一步了解分子结构信息。
当然，lc-ms/ms的定量实验也不在话下，它对样品组分进行多次分离，使结果更加精确，结论内容更加丰富。它非常适用于复杂样品的组分鉴定实验中，如药品成分、土壤成分等。不过实验中大家也不要盲目将它作为实验的首选仪器，有的时候根本用不到两种质谱仪的连接。如果只是想检测样品中含量占优势的成分，选择样对样品分离一两次的仪器就够了。如果想要检测的成分含量极低，需要经过多次分离才能送溶液中分离出来，要就可以选择lc-ms/ms或者连接更多数量质谱仪的仪器。当然这种连接不是随意的，只有接口技术到位才能实现这个应用。
